Grundsätzlich ist natürlich die Lizenz der Hauptunterschied.
Die LGPL erlaubt fast alles, aber sie verlangt halt vereinfacht gesagt, das die Leute denen Du dein Programm gibst, die LGPL Teile austauschen und upgraden können. Das kann z.B. statisches Linken schwierig machen.
Die Funktionalität ist weitgehend identisch, es gibt aber ein Paar kleine Add-ons für die Enterprise Kunden. In Deinem Fall könnte Dir evtl. Qt Charts ein wenig Arbeit bei der visuellen Aufbereitung Deiner Daten abnehmen. Details zur kommerziellen Version gibt es auf http://qt.digia.com/ .
Was für Dich am Besten passt, das hängt von einer Reihe von Faktoren ab:
Was für eine Lizenz Du für Deine Software verwenden willst (wenn Du GPL/LGPL haben willst, dann würde ich das selbe for Qt nehmen),
wie die Firma/Institution drauf ist für die Du arbeitest (es gibt immer noch welche, denen open source nicht ins Haus kommt!),
wie wichtig Dir Support mit definierten Zusagen ist,
was Dir evtl. die kommerziellen Add-ons an Arbeit abnehmen können,
wie Du Deine Software vertreiben willst (einige App-Stores sind nicht so wirklich perfekt für GPL/LGPL Software),
was für eine Paketierung/Installer Du verwenden willst (statisches Linken kann je nach Deiner sonstigen Lizenz schwierig sein),
und noch eine ganze Menge mehr:-)