Vale, me respondo a mi mismo y de paso ofrezco la solución a quien la esté buscando:

La solución la he encontrado aquí: http://stackoverflow.com/questions/31235471/qt-version-incrementing

Crear un archivo version.bat que contenga:

```

@echo off
set /p var= <version.txt
set /a var= %var%+1
echo %var% >version.txt
break >version.h
echo #define VERSION_MAJOR 1 >version.h
echo #define VERSION_MINOR 0 >>version.h
echo #define VERSION_BUILD %var% >>version.h
echo %var%

Poner el archivo en la carpeta de recursos del proyecto. Luego ir a projects y añadir un BuildStep. Al nuevo BuildStep le cargamos el archivo version.bat Compilamos Añadimos version.h en la sección HEADERS del archivo del proyecto Añadimos version.h en la clase donde queramos mostrar el número de compilación. Por ejemplo una ventana que informe a cerca del proyecto. Usar QString::number(VERSION_BUILD) para mostrar el número de la compilación en una etiqueta de texto.